Esto ocasionó que los campesinos locales tuvieran un resentimiento, que a su vez libraban una batalla simultánea contra las tropas de su nación. En medio de esta situación, el gobierno hondureño aprobó una reforma agraria para evitar conflictos, pero el problema fue que esa ley se enfocó en las tierras que poseían los migrantes y no las de los terratenientes y compañías estadounidenses.
Asimismo, Oswaldo López Arellano, el entonces Presidente de Honduras, mandó a deportar a los salvadoreños que habitaban en su país. También, entre estas dos naciones existía una disputa en una zona conocida como “El Golfo de Fonseca”, un sector de agua en la costa del océano pacífico que comparten junto con Nicaragua.
Mientras tanto, Fidel Sánchez, el Presidente de El Salvador, y su gobierno, intentaban lidiar ante el masivo regreso de los migrantes, entonces, los terratenientes comenzaban a presionar para que se tomaran acciones militares. Entonces, los medios comenzaron a publicar reportes acerca de la persecución a los salvadoreños, en los que incluían testimonios de violaciones y asesinatos. Cabe recalcar que, en estos días de tensión fue cuando se disputaron aquellos partidos.
Aquel 27 de junio de 1969, mientras los futbolistas se preparaban para el encuentro, El Salvador rompió relaciones diplomáticas con Honduras. Según indica el diario británico The Guardian, Francisco José Guerrero, ministro salvadoreño, indicó que cerca de 12,000 oriundos de su país, habían dejado Honduras después del segundo partido debido a “una persecución” proveniente de un juego entre ambas escuadras.
Al día siguiente del enfrentamiento, aproximadamente 1, 700 efectivos de la policía habían sido desplegados para evitar actos de violencia. Por su parte, los aficionados salvadoreños gritaban “asesinos” a sus contrincantes. También, se dieron pequeñas riñas en la frontera entre países centroamericanos. Asimismo, el 14 de julio, El Salvador ordenó a sus fuerzas armadas invadir Honduras, además, se lanzó una ofensiva aérea.
La Organización de Estados Americanos, logró que ambas naciones llegaran a un cese al fuego el 18 de julio, después de que 3, 000 personas murieran, la mayoría fueron civiles hondureños. Muchos de ellos resultaron desplazados por los combates. Después de una fuerte presión internacional, El Salvador retiró sus tropas en agosto.
Pero el resentimiento siguió, ya que durante décadas no hubo intercambio comercial entre ambos países y la frontera fue clausurada. Desde entonces, las tensiones entre Honduras y El Salvador han perdurado.